《我们的秘密》是一部情感细腻的都市悬疑漫画，围绕一对表面恩爱、实则各有隐瞒的夫妻展开。妻子安然是一位心理咨询师，丈夫顾铭是一位刑侦警察。两人结婚五周年纪念日当晚，顾铭在追捕逃犯时意外中枪，昏迷前他看到了安然的一张旧照片，照片里竟是逃犯的脸。顾铭苏醒后失忆，只记得自己要查一桩旧案。安然在照顾丈夫的过程中，不得不小心翼翼地隐藏自己与那桩案件的联系。随着顾铭的记忆碎片逐渐拼合，一个关于替身、误杀和长达十年救赎的秘密，在两人的日常中悄然撕裂。
顾铭终于完全恢复了记忆，他想起了照片的来历——那是十年前案件现场的证据照，安然的脸出现在背景中。安然流着泪坦白，她是案件唯一幸存者，嫁给顾铭是为了接近真相，却在过程中真的爱上了他。
安然在旧物箱中发现了一本顾铭的日记，里面详细记录了案发后他对“神秘目击者”的调查，而那个目击者的素描画像，与安然的侧脸一模一样。她意识到，顾铭或许从一开始就知情。
在一次共同被困于废弃仓库的雨夜，顾铭突然出现闪回症状，他痛苦地捂着脑袋。安然为了安抚他，第一次说出了部分真相——她认识那个逃犯，那是她的亲哥哥。顾铭震惊地愣住了。
安然利用心理学技巧，尝试引导顾铭绕过创伤记忆，帮助他恢复行动能力。但每次催眠时，顾铭都会下意识地避开关于“照片”的话题，安然意识到，顾铭的潜意识在抗拒发现她的秘密。
顾铭在医院康复时，安然在医院监控录像中看到了一个熟悉的身影——逃犯竟然伪装成医生来过病房。安然惊恐万分，她没有报警，而是偷偷删除了录像，这一行为被护士看在眼里。
五周年纪念日晚餐，顾铭接到紧急任务离开。安然独自一人时，电视上突然插播新闻，称逃犯现身城郊。安然手中的酒杯应声而碎，她的眼神里充满了恐惧与复杂的愧疚。